Les déchets radioactifs résultant de l'exploitation de la centrale doivent être traités de telle manière que leur manipulation et leur stockage soient possibles. Figurent notamment parmi ces déchets des résines échangeuses d'ions, des filtres et résidus de filtres, des concentrats provenant de l'évaporation des effluents liquides, des produits de nettoyage et des vêtements. A l'exception des résines échangeuses d'ions utilisées dans le système de décontamination du fluide caloporteur du réacteur, ces déchets d'exploitation ne sont en général que faiblement radioactifs. Selon leur nature, ils sont brûlés, compactés ou séchés et enrobés dans du ciment ou du bitume dans des fûts de 200 litres avant d'être entreposés dans le propre dépôt de la centrale. Ils n'exigent aucun autre traitement pour leur stockage définitif ultérieur.
 

Quelque 50 litres environ de déchets d'exploitation prêts au stockage définitif sont produits par jour à la centrale nucléaire de Gösgen. Les déchets de moyenne activité donnent lieu à 20 fûts environ par an, les déchets de faible activité à quelque 60 fûts. Les équipements et les outils contaminés réutilisables sont décontaminés.
 
La centrale nucléaire de Gösgen dispose de deux dépôts de déchets souterrains séparés. La capacité du dépôt pour déchets de faible activité est de 4300 fûts, celle du dépôt pour déchets de moyenne activité de 600 fûts.