En exploitation normale, la centrale ne rejette que de faibles quantités de substances radioactives sous forme d'effluents liquides et gazeux. Comptent parmi ces derniers des gaz rares radioactifs et de l'iode radioactif provenant de la fission nucléaire, ainsi que des aérosols radioactifs qui résultent en premier lieu de l'activation de matériaux de construction. Le blocage des diverses voies potentielles de rejets intervient automatiquement en cas de concentrations élevées de gaz rares.
 
Les effluents liquides contiennent essentiellement du tritium engendré par l'épuisement du bore. On y trouve également des traces de produits d'activation, surtout de cobalt 60. La présence d'antimoine 124 et d'iode 131 n'apparaît que sporadiquement. Dans tous les cas, les effluents liquides ne sont rejetés que si les valeurs limites de concentration en vigueur sont respectées.
 

Les valeurs limites pour les rejets de substances radioactives, et les programmes de surveillance de ces émissions, sont fixés dans l'autorisation d'exploitation et dans le règlement correspondant de l'autorité de sûreté. La centrale comptabilise les rejets dans l'environnement et les notifie chaque mois aux autorités. Ces chiffres sont vérifiés par des mesures indépendantes des autorités. Les rejets de substances radioactives dans l'environnement sont comptabilisés de manière telle que la nature et la quantité des émissions radioactives peuvent être justifiées en tout temps.

Dans le cadre de la surveillance des immissions, des échantillons globaux sont prélevés chaque semaine dans l'Aar. On analyse également les sédiments, le plancton et les plantes aquatiques de l'Aar, ainsi que l'eau souterraine de cinq fontaines. La surveillance stationnaire des immissions gazeuses consiste à mesurer la dose locale en 22 points situés dans un rayon de 5 à 7 km autour de la centrale. Les dosimètres à thermoluminescence utilisés sont évalués tous les trimestres. D'autres mesures sont effectuées avec de tels dosimètres à 36 endroits sur l'aire de la centrale, la tour de réfrigération, les clôtures de l'installation et le mât météo, mesures évaluées elles aussi chaque trimestre.
 

Pour mesurer la radioactivité ambiante, on analyse chaque semaine les dépôts sur filtres à air ainsi que les précipitations. Les particules de poussière de quatre plaques de vaseline posées dans les environs de la centrale sont analysées tous les mois. Par ailleurs, le personnel de la centrale entreprend chaque année une campagne de mesures par spectroscopie gamma, ce qui permet de déterminer les concentrations des divers radionucléides dans l'environnement. La teneur des feuilles d'arbre en carbone 14 est aussi mesurée.
 
Depuis 1989, des mesures aéroradiométriques par hélicoptère sont réalisées tous les un à deux ans. Ces mesures effectuées pour l'étude des sources de rayonnement naturelles et artificielles couvrent une zone de quelque 50 km² autour de la centrale. Pour détecter d'éventuels dépôts sur le sol, dans les aliments et les fourrages, on analyse chaque année des échantillons de sol, d'herbe, de lait et de céréales, et les poissons de l'Aar sont examinés.
 

Un réseau automatique de surveillance des doses aux alentours des centrales nucléaires (Maduk) – installé par la Division principale de la sécurité des installations nucléaires (DSN) – est en service depuis 1993. En 16 endroits des environs immédiats de la centrale, des sondes équipées de compteurs Geiger-Müller transmettent toutes les dix minutes les mesures à l'ordinateur central de l'Inspection fédérale de la sécurité nucléaire (IFSN) où elles sont automatiquement comparées aux valeurs naturelles. Les valeurs moyennes journalières de quatre sondes Maduk proches de la centrale sont publiées chaque jour sur le télétexte des télévisions de la Suisse alémanique, française et italienne. Le réseau Maduk complète le Réseau automatique de mesure de la radioactivité (Nadam) de la Centrale nationale d'alarme (CENAL). Le réseau de mesure de la CENAL dispose de 58 stations réparties sur tout le pays.
 
Parallèlement à la IFSN, la section Surveillance de la radioactivité de la Division de radioprotection de l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) surveille également les immissions des centrales nucléaires. Les résultats de la surveillance des émissions et des immissions sont publiés chaque année dans le rapport de l'OFSP «Radioactivité de l'environnement et doses de rayonnements en Suisse». Le calcul des doses de rayonnements à la population se fait sur la base des valeurs d'émissions. La IFSN fixe les valeurs maximales pour les émissions de radio-activité dans l'environnement de telle manière que la valeur directrice de dose nominale de 0,2 mSv ne soit dépassée pour aucun riverain de la centrale. Les doses de rayonnements à la population résultant des émissions de radioactivité de la centrale sont en fait inférieures de plusieurs ordres de grandeur à celles des sources d'irradiation naturelles. A titre de comparaison: pour la Suisse, la dose d'origine naturelle atteint en moyenne 3 mSv par an, avec des valeurs variant de 1 à 20 mSv par an.