En exploitation normale, quelque 2,2 m³ d'eau sont prélevés par seconde du canal d'amont de la centrale hydraulique de Gösgen. Cette eau est amenée par une conduite sous-fluviale – par dessous l'Aar – à la station de pompage auxiliaire d'où elle est distribuée dans les circuits d'eau de refroidissement primaire et secondaire.
 

Le circuit d'eau de refroidissement auxiliaire de la partie conventionnelle de la centrale sert à refroidir les installations de refroidissement secondaire dans la salle des machines, ainsi que deux machines frigorifiques. L'eau d'appoint nécessaire pour le fonctionnement de la tour de réfrigération est elle aussi prélevée de ce circuit pour être ensuite décalcifiée. L'hydrocarbonate de calcium est transformé en carbonate de calcium insoluble qui est précipité. Ce carbonate de calcium précipité est réutilisé comme matière première pour l'industrie du ciment.
 

L'eau en surplus, échauffée de 6,5°C au maximum, est rejetée dans le canal d'amont (environ 1,5 m³ d'eau par seconde). La conduite de rejet est aménagée sous terre vers la même traversée sous-fluviale que la conduite d'amenée. Sauf en cas de chute d'avion et d'impact externe extrême, le système d'eau de refroidissement auxiliaire primaire garantit, dans toutes les conditions imaginables, l'évacuation de la chaleur des diesels de secours, des machines frigorifiques et du circuit de refroidissement intermédiaire. Un système de rejet dans l'Aar permet l'évacuation sûre de l'eau de refroidissement secondaire lorsque le système de rejet dans le canal d'amont n'est pas disponible.
 

Une seconde prise d'eau est prévue sur le canal d'aval de la centrale hydraulique de Gösgen. On l'utilise uniquement en cas d'urgence, si l'alimentation en eau de refroidissement par le canal d'amont devait cesser.