Dans un premier temps, le plan sectoriel fixe les règles pour déterminer les sites. Elles garantissent la transparence de la procédure et constituent le cadre de la coopération et de la participation de la Confédération, des cantons, communes, pays limitrophes, et cercles d’intérêts.
Le deuxième temps du plan sectoriel règle l’application du choix du site: à la fin de la première étape, le Conseil fédéral détermine toutes les zones qui se prêtent géologiquement à accueillir un dépôt en couches profondes, après consultation des parties concernées: cantons, communes, pays voisins et population.
Lors de la deuxième étape, quiconque est concerné dans les zones du site peut coopérer, lors de la concrétisation du projet d’entrepôt. De plus, les sites sont examinés en détail quant à leur sécurité technique et les conséquences socio-économiques pour la région sont étudiées. A la fin de cette étape, la Nagra propose au moins deux sites concrets par catégorie de déchets.
Pendant la troisième étape, ces sites sont minutieusement étudiés. En fin de procédure, le Conseil fédéral prend la décision définitive.