Das Reaktorschutzsystem (Sicherheitsebene 3) überwacht den Zustand der Reaktoranlage anhand wesentlicher Prozessgrössen wie Druck, Temperatur, Neutronenfluss und Aktivität. Wenn sicherheitstechnisch relevante Grenzwerte über- oder unterschritten werden, schaltet es den Reaktor ab, bevor die Auslegungsgrenzen erreicht werden. Es erfasst Störungen und gibt, falls erforderlich, Anregesignale für das aktive Eingreifen der Sicherheitssysteme, beispielsweise für das Schliessen der Gebäudeabschlussarmaturen oder für den Start der Notkühlsysteme.
 
Das Reaktorschutzsystem umfasst alle Geräte und Einrichtungen von der Instrumentierung über den Logikteil bis zur Steuerebene, die zur Auslösung von Schutzaktionen notwendig sind.

Zur Auslösung einer Schutzfunktion werden in der Regel mindestens zwei physikalisch verschiedene Prozessgrössen herangezogen. Diese werden von den Messstellen über Messleitungen den Transmittern zugeführt und dort in elektrische Analogsignale umgesetzt, die dann den Grenzwerteinheiten aufgeschaltet werden. In diesen werden die Messwerte mit den eingestellten Grenzwerten verglichen, in die Binärsignale «zulässig» oder «unzulässig» transformiert und an den Logikteil weitergegeben. Dort werden sie so miteinander verknüpft, dass für jede Schutzfunktion aus den dafür vorgesehenen Signalen die erforderlichen Befehle erzeugt werden.